به گزارش شرق، به باور بسیاری از کنشگران سیاسی آن دوران رأی مردم به خاتمی نوعی نفی سیاست‌های هاشمی محسوب می‌شد. البته که در آن دوران هاشمی هنوز به‌عنوان نماینده خوانش رسمی سیاست‌ورزی در ایران شناخته می‌شد و هنوز تحول سیاسی و فکری او آغاز نشده بود و به همین دلیل چندان عجیب هم نبود که بدنه اجتماعی که معمولا درپی اصلاح امورند، نسبت به سیاست‌های دولت‌های پنجم و ششم منتقد باشند.
دوم خرداد ۷۶ و پیروزی انتخاباتی خاتمی
در هفتم آبان ۱۳۷۵ بود که میرحسین موسوی گزینه قاطع نیرو‌های چپ با انتشار بیانیه‌ای اعلام کرد که در این انتخابات کاندیدا نمی‌شود. سپس در ۲۳دی همان سال مجمع روحانیون مبارز نام سیدمحمد خاتمی، وزیر ارشاد دولت هاشمی را به‌عنوان کاندیدای خود اعلام کرد و در ۱۳بهمن حضور سیدمحمد خاتمی قطعیت پیدا کرد. بسیاری از مردم و به‌خصوص تحول‌خواهان بر این باور بودند که خاتمی شاید برنده این انتخابات نباشد، اما حضورش در عرصه، تنور انتخابات را داغ خواهد کرد. در این حین بسیاری از صاحب‌نظران جناح‌های مختلف به بررسی این حضور و اظهارنظر در این زمینه پرداختند؛ فصل مشترک تمام این اظهارنظر‌ها آن بود که حضور محمد خاتمی موجب افزایش حضور مردم بر سر صندوق‌های رأی می‌شود.
در نیمه دوم اسفند ۱۳۷۵ برخی از اعضای حزب کارگزاران سازندگی نیز به جمع حامیان محمد خاتمی پیوستند. این ائتلاف ازسوی جناح رقیب غیرممکن و سؤال‌برانگیز محسوب می‌شد؛ اگرچه این سؤال در ۲۷ اسفند ۷۵ ازسوی عطاءالله مهاجرانی و بسیاری از یاران خاتمی پاسخ داده شد، اما همچنان جناح مقابل، به این ائتلاف با تعجب می‌نگریست و گفته می‌شد که در صورت پیروزی محمد خاتمی در انتخابات در مجموعه حامیان محمد خاتمی اختلاف پیدا می‌شود.
در اسفند همان سال اکثر احزاب و گروه‌های دست‌راستی، حمایت خود را از علی‌اکبر ناطق‌نوری اعلام کردند. البته برخی از آن‌ها از دومین کاندیدای جناح راست یعنی محمد محمدی‌ری‌شهری حمایت کردند و مجمع روحانیون مبارز، حزب کارگزاران سازندگی، ائتلاف گروه‌های خط امام و سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی ایران از خاتمی حمایت کردند.
انتخابات در دوم خرداد۷۶ برگزار شد و محمد خاتمی با کسب ۲۰میلیون و ۷۸هزار و ۱۷۸رأی در دور نخست با قاطعیت پیروز انتخابات شد و بعد از آن به‌ترتیب علی‌اکبر ناطق نوری با هفت‌میلیون و ۲۴۲هزار و ۸۵۹ رأی، رضا زواره‌ای با ۷۷۱هزار و ۴۶۰ رأی و محمد محمدی‌ری‌شهری با ۷۴۴هزار و ۲۰۵ رأی قرار گرفتند.
استیضاح عبدالله نوری
دوره اول خاتمی دوره آرامی از نظر رخداد‌های سیاسی نبود و اگرچه دولت می‌کوشید که هم از نظر اقتصادی و هم از نظر سیاسی شرایط با ثباتی را فراهم کند، اما در مجموع به دلیل فشار‌های خارج از دولت رخداد‌هایی به وقوع می‌پیوست که خاتمی در ذکر آن‌ها می‌گفت «هر ۹ روز یک بحران» در دولت وجود دارد.
یکی از مهم‌ترین رخداد‌های مهم دوره اول ریاستجمهوری خاتمی استیضاح عبدالله نوری از وزارت کشور از سوی مجلس راست‌گرای پنجم بود. جناح راست یا همان اصولگرایان در ۲۰خرداد سال۷۷ در مجلس شورای اسلامی با ۱۳۷ رأی از مجموع ۲۷۰نماینده حاضر در جلسه استیضاح نوری را برکنار کردند. نمایندگان دلایل استیضاح او را به دادن مجوز برای راهپیمایی‌ها و دفاع او از غلامحسین کرباسچی، شهردار وقت تهران، عنوان کرده بودند. خاتمی پس از آن او را به معاونت توسعه سیاسی رئیس‌جمهور منصوب کرد.
استیضاح و استعفای مهاجرانی
عطاالله مهاجرانی، وزیر فرهنگ و ارشاد دولت خاتمی هم در معرض استیضاح قرار گرفت؛ به نحوی که ۳۰نماینده مجلس در سال۷۸ خواستار استیضاح مهاجرانی شدند، اما او توانست در جلسه استیضاح رأی اعتماد بگیرد که البته بعد از آن خود مهاجرانی از سمتش استعفا داد.
در آذرماه آن سال رهبر انقلاب در دیدار با اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی نارضایتی خود از عملکرد مهاجرانی را به‌صراحت بیان کردند و گفته بودند: «من از وزارت ارشاد توقع دارم. البته آقای مهاجرانی ظاهرا نیستند و خودشان را راحت کردند از اینکه بیایند و حرف‌های ما را بشنوند. به‌هرحال، فرق نمی‌کند؛ چه ایشان باشند، چه نباشند، من اعتراضم این است وزارت ارشاد در این دو سالی که ایشان در رأس این کار هستند، هیچ کار اسلامی به‌عنوان اسلامی ارائه نداد... این اعتراض من است. من از رفتار وزارت ارشاد، راضی نیستم».
قتل‌های زنجیره‌ای
یکی‌دیگر از بحران‌های تلخی که در دوران اول خاتمی به وقوع پیوست، قتل‌های زنجیره‌ای بود، قتل‌هایی که باعث مرگ تعدادی از نویسندگان و روشنفکران ایرانی شد. با توجه به حساسیت شدید جامعه نسبت به قتل‌ها و وعده خاتمی برای مجازات عاملین آن، بلافاصله به دستور او کمیته‌ای ویژه، مرکب از علی یونسی، رئیس وقت سازمان قضائی نیرو‌های مسلح؛ علی سرمدی، معاون وزیر اطلاعات و علی ربیعی، مسئول اجرائی دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی مسئول پیگیری قتل‌ها شدند. علی ربیعی یکی از اعضای کمیته تحقیق خاتمی درباره چگونگی شناسایی و دستگیری متهمان گفته بود: «ما به افراد عمده این گروه یعنی عالیخانی و سعید امامی (اسلامی)، بدون تردید شک داشتیم و حدس قوی می‌زدیم که قتل‌ها کار آنهاست؛ بنابراین برنامه‌ای در یک جلسه ریخته شد که من یقین داشتم به گوش سعید امامی می‌رسد.
در آن جلسه گفتیم که قرار است در چند روز آینده این افراد دستگیر شوند و اتفاقا با آقای یونسی نیز هم‌نظر بودیم. بحث بازداشت به ضعیف‌ترین این حلقه، فشار وارد کرد و به نظر من موسوی حلقه ضعیف آن‌ها بود.
این‌ها می‌خواستند مسئله را سریع‌تر بگویند که بله این کار را که کردیم تشکیلاتی بود و این، آن‌ها را شکست. ساعت حدود ۱۲شب بود که بنده در منزل بودم و کسی زنگ زد و گفت با شما کار دارند. رفتم دم در و دیدم که بله! یکی از همین متهمان به در منزل آمده است. با او قرار گذاشتم که فردا به اداره بیاید و بعد با هم صحبت کنیم. او صبح به اداره آمد و ماجرای قتل‌ها را به من گفت. حدود سه ساعت از ۹ صبح تا یک بعدازظهر بخشی از این مسائل را این فرد گفت. من همانجا به آقای خاتمی تلفن زدم که به نظر من قصه روشن و باز شده است. حداقل این است که بخش‌های عمده‌ای از حدسیات ما درست بوده و می‌توان آن را پیگیری قضائی کرد».
کمیته تحقیق بعد از چندی منحل شد. ربیعی درباره منحل‌شدن آن هم گفته بود: «در همان زمان جناب آقای نیازی با بنده صحبت کردند و ایشان فرمودند که اگر کمیته اعلام انحلال کند، ما را با مشکل مواجه می‌کند. مردم تصور می‌کنند که رئیس‌جمهور پشت این پرونده نیست و با این جوی که در جامعه هست، کار ما با مشکل مواجه می‌شود. شما این را اعلام نکنید. من نظر آقای نیازی را خدمت آقای رئیس‌جمهوری عرض کردم و در واقع آقای رئیس‌جمهوری هم متقاعد شدند که انحلال کمیته اعلام نشود». با اصرار خاتمی وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی در تاریخ ۱۵دی۱۳۷۷ در اطلاعیه‌ای اعلام کرد که عده‌ای از اعضای آن وزارتخانه در طراحی قتل‌ها دست داشته‌اند.
استعفای وزیر اطلاعات در جریان قتل‌های زنجیره‌ای
بهمن‌ماه قربانعلی دری‌نجف‌آبادی، وزیر اطلاعات وقت، از سمت خود استعفا داد. نجف‌آبادی بار‌ها در مصاحبه‌ها گفته بود که از قتل‌های صورت گرفته توسط پرسنل وزارت اطلاعات، بی‌اطلاع است. دادستان مجتمع قضائی نیرو‌های مسلح هم چند نفر از مسئولان عالی‌رتبه وزارت اطلاعات را دستگیر کرد. از این افراد می‌توان به سعید امامی، مشاور وزارت و معاون سابق امنیت وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی (در زمان تصدی فلاحیان)، مصطفی کاظمی، معاون امنیت وزارت اطلاعات در زمان انجام قتل‌ها و اکبر خوش‌کوش، رئیس گروه ضربت وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی اشاره کرد.
دری‌نجف‌آبادی بعد‌ها گفت: «هنگامی که مسئولیت وزارت اطلاعات را بر عهده گرفت، سعید امامی معاون بررسی وزارتخانه بود و به‌دلیل حساسیتی که روی او وجود داشت، او را از این سمت برکنار کرد و به وی حکم مشاور را داد و سپس مصطفی کاظمی (متهم دیگر پرونده قتل‌ها) را به آن دلیل که رابطه نزدیکی با جبهه دوم خرداد و ستاد انتخاباتی خاتمی داشته با تأیید محمد خاتمی، رئیس‌جمهور وقت، به سمت معاونت خود برگزیده است». سعید امامی همچنان به‌عنوان یکی از متهمان اصلی قتل‌های زنجیره‌ای در زندان بود تا آنکه گفته شد با خوردن داروی نظافت خودکشی کرده است که البته افرادی مانند روح‌الله حسینیان بر این موضوع شبهه‌هایی وارد کردند.
سال‌ها بعد یعنی در تیرماه سال۹۸ مصطفی پورمحمدی در گفت‌وگویی با نشریه «مثلث» گفت که سعید امامی نهایتا مشاور بود و مقام تصمیم‌گیری نداشت: «آن‌هایی که دستگیر شدند و اعتراف کردند، گفتند که آقای سعید امامی، مشاور وزیر بود و نهایتا به‌عنوان مشاور از ایشان استفاده کرده بودند. مدیر پروژه که نبود، مدیر تصمیم‌گیری نبود، نه مقام تصمیم‌گیری داشت، نه مقام طراحی و اجرا داشت، حداکثر با ایشان مشورت کردند که ما از ایشان سؤال کردیم، گفت نه، من در این کار نبودم، تا آخرین لحظه هم حرفش این بود که من نبودم».
او همچنین ذکر کرد که آن قتل‌ها به‌دست نیرو‌های خودسر رخ نداد: «در بحث قتل‌های زنجیره‌ای که شما بحث خاصتان خودسربودن بود، نه آن بخش وزارت اطلاعات هیچ خودسر نبودند. شاید مدیرانش یک‌سری تصمیمات بد می‌گرفتند، ما داشتیم جا‌هایی که خود من موضع و انتقاد داشتم که بیخود کردید این تصمیم را گرفتید... در یک بخشی بود در گپ‌های مباحثاتی با دوستانمان صحبت می‌کردیم، می‌گفتم که این سیاست را قبول ندارم، نباید این‌جور باشید، اما این‌جور نبود که از دست رها باشد؛ حتی این داستان قتل‌های زنجیره‌ای در سیستم اتفاق افتاد، جانشین امنیت؛ یعنی معاونت امنیت، جانشینش مدیر این پروژه بود که گرایش چپ داشتند؛ یعنی جایی نبود که پنج نفر خودسرانه آمده باشند دست به این کار زده باشند.
این‌ها برای خودشان تحلیلی داشتند و فکر می‌کردند طبق آن تحلیل باید به نظام خدمت کنند و اصلاح‌طلبان را از ورطه خطرناکی که در آن خواهند افتاد، نجات دهند؛ تحلیلشان هم این بود که ضدانقلاب دارد به اصلاح‌طلب‌ها می‌چسبد و ما ناچاریم دوباره حوادث سال ۶۰ و جنگ‌های خیابانی را تکرار و تجربه کنیم».
برگزاری نخستین انتخابات شورا‌ها
یکی از مهم‌ترین اتفاقات در دولت اول خاتمی برگزاری انتخابات نخستین دوره انتخابات شورا‌های شهر و روستا بود؛ ظرفیتی قانونی که باوجود آنکه در قانون اساسی مبسوط به آن پرداخته شده است، اما تا آن زمان به منصه ظهور در نیامده بود؛ موضوعی که اتفافا آیت‌الله طالقانی به‌شدت بر آن تأکید داشت. انتخابات اولین دوره شورا‌ها در هفتم اسفند۷۷ برگزار شد و مردم حدود ۱۸هزار نفر اعضای اصلی و علی‌البدل شورا‌ها را در سراسر کشور برگزیدند. مجموع مشارکت نزدیک به ۲۴میلیون نفر بود. وزارت کشور دولت خاتمی برگزارکننده این انتخابات بود.
اعتراضات تیر ۷۸
بسته‌شدن روزنامه سلام به مدیرمسئولی سیدمحمد موسوی‌خوئینی‌ها کافی بود تا دانشجویان به این تصمیم اعتراض کنند. با وجود اینکه این تجمع با شعار‌های تندی همراه بود؛ اما در ساعات پایانی شب به آرامی پایان یافت. بااین‌حال بامداد روز ۱۸تیر گروهی از نیرو‌های لباس‌شخصی با همراهی برخی مأموران، ضمن حمله به کوی دانشگاه، دانشجویان را مورد ضرب‌و‌جرح قرار داده، عده‌ای را بازداشت کردند. این حمله موجی از اعتراضات را در دانشگاه تهران و پس از آن تبریز، ایجاد کرد. ماجرا در روز‌های بعد با خروج دانشجویان از محیط کوی به ناآرامی‌هایی در سطح تهران تبدیل شد و درپی ورود گروه‌های غیردانشجو به غائله، کار به درگیری کشید و طبق گزارش‌های رسمی دانشجویی به نام عزت ابراهیم‌نژاد در جریان درگیری‌ها کشته شد.
حمله شبانه به کوی دانشگاه با واکنش شدید مسئولان دستگاه‌های مختلف دولتی مواجه شد؛ از آن جمله استعفای مصطفی معین، وزیر علوم وقت بود که در واکنش به این موضوع رخ داد. روزنامه همشهری ۲۱ تیر ۷۸ در خبری نوشت: در پی وقوع حوادث دلخراش و تأثربرانگیز شب جمعه کوی دانشگاه تهران که در آن دانشجویان مستقر در خوابگاه مورد تعرض قرار گرفتند، دکتر مصطفی معین، وزیر فرهنگ و آموزش عالی، در اعتراض به این عمل استعفای خود را به رئیس‌جمهوری تقدیم کرد. رئیس‌جمهور در پاسخی به وزیر فرهنگ و آموزش عالی ضمن رد این استعفا از تلاش‌های آقای معین و دیگر مسئولان در آرام‌کردن فضای متشنج کوی دانشگاه تقدیر کرد و با تأکید بر پرهیز از هرگونه خشونت و تشنج، آرامش را اساسی‌ترین نیاز کشور و لازمه مهم توسعه سیاسی دانست.
خاتمی ۲۲ تیر در پایان جلسه کمیته ویژه شورای عالی امنیت ملی کشور برای پیگیری حوادث کوی دانشگاه تهران در گفتگو با خبرنگار صداوسیما گفت: «حادثه کوی دانشگاه فوق‌العاده تلخ بود. البته من نظر خود را پیش از این اعلام کرده‌ام. این حرکت و اهانت به دانشگاه و محیط علم و برخورد خشونت‌آمیز با دانشجویان برای همه ما غیرقابل تحمل بود و به این جهت، بلافاصله کمیته ویژه‌ای از طرف دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی تشکیل شد و به تأیید رهبر معظم انقلاب رسید و کار خود را با جدیت ادامه داده و می‌دهد».
کمیته ویژه بررسی وقایع کوی دانشگاه روز ۲۴ تیر ۷۸ در بخشی از گزارش خود آورد: «.. مجموعه گزارش‌های رسیده و اظهارات بیان‌شده در کمیته تحقیق نشانگر آن است که بین ۲۵ تا ۳۰ نفر نیروی شخصی غیروابسته به نیروی انتظامی از فرصت استفاده کرده و وارد کوی شده‌اند. سرپرست ناحیه انتظامی تهران بزرگ اظهار می‌دارد این افراد از درِ دانشکده فنی وارد شده‌اند. در این مرحله سه سرباز وظیفه جمعی یگان ویژه ناتب گروهان شهید دستغیب اظهار داشته‌اند هنگامی که از طبقه سوم به پایین می‌آمدیم، مشاهده کردیم نیرو‌ها محل را ترک کرده‌اند و تعداد زیادی دانشجو در راه‌پله‌ها حضور دارند.
آن‌ها مجددا به سمت پشت‌بام برمی‌گردند و از آنجا حضور خود را به نیرو‌های انتظامی از بالای پشت‌بام اعلام می‌نمایند. تعدادی دانشجو، با مشاهده سربازان، آن‌ها را گروگان می‌گیرند. نام‌بردگان اظهار می‌دارند تعدادی دانشجوی عصبی به سمت آنان حمله‌ور شده و قصد ضرب‌وشتم آن‌ها را داشته‌اند و آن‌ها را با خشونت به سمت طبقات پایین منتقل می‌نمایند.
در این هنگام تعداد ۱۰ الی ۱۵ دانشجو به محافظت از سربازان می‌پردازند. این افراد به زیرزمین ساختمان ۱۴ که متعلق به انبار خوابگاه کوی بوده، انتقال داده می‌شوند. ورود یکی از افراد وابسته به گروه‌های شناخته‌شده در این زمان، آقای موسوی‌لاری از طریق معاون سیاسی استانداری نسبت به ورود نیرو به داخل کوی اطلاع یافته است. در این فاصله مذاکرات میان مسئولان سیاسی و انتظامی صورت می‌گیرد.
از جمله وزیر محترم کشور تدابیری را به جانشین ناجا اعلام می‌کند و نام‌برده نیز این تدابیر را به فرمانده حاضر در صحنه ابلاغ می‌نماید. ورود نیرو‌های شخصی غیررسمی و ضرب‌وشتم دانشجویان توسط این افراد بر هیجانات و عصبانیت دانشجویان فوق‌العاده افزوده است. حضور آقای (..) از افراد شاخص وابسته به گروه‌های شناخته‌شده غیررسمی، در محوطه کوی با توجه به شناخته‌شدن وی نزد دانشجویان محرک‌زا بوده است».
ترور سعید حجاریان
۲۲ اسفند ۷۸ بود که سعید عسگر جلوی شهرداری تهران و هنگام ورود حجاریان به ساختمان شورای شهر او را ترور کرد. حجاریان پس انتقال به بیمارستان نجات یافت، اما این ترور او را از لحاظ جسمانی بسیار ضعیف کرد. سعید عسگر پس از این ترور محاکمه و به ۱۵ سال زندان محکوم شد. همدست او که راننده موتورسیکلت حامل سعید عسگر بود، به ۱۰ سال زندان محکوم شد. سعید عسگر پس از گذشت یک سال از زندان آزاد شد.
سعید حجاریان درباره ترور خود می‌گوید: «معتقدم سعید عسگر در جریان ترور من کاره‌ای نبود. عسگر تنها ماشه بود. آن‌هایی که ماشه را کشیدند، مهم هستند. آن‌هایی که من را ترور کردند، افراد بی‌تجربه‌ای بودند.... برای او ۱۵سال زندان در نظر گرفته شد، اما بعد از یک سال آزادش کردند. جالب اینجاست که ترور من حتی برای عسگر و همدستش پیشینه کیفری هم به حساب نیامد». حجاریان در بخش دیگری از گفت‌وگوی خود، ترورش را به‌دلیل پیگیری‌هایش در ماجرای قتل‌های زنجیره‌ای دانسته بود: «ترور من دقیقا به‌دلیل پیگیری‌های من در پرونده گروه‌های خودسر در موضوع قتل‌های زنجیره‌ای بود. من در سال ۷۷ روزنامه صبح امروز را منتشر کردم که نقش مهمی در افشای قتل‌های زنجیره‌ای داشت و فکر می‌کنم که کاملا نتیجه‌بخش هم بود».
عسگر هم درباره ترور حجاریان گفته بود: «تلاش گروه ما به سرپرستی مجیدی (سید مرتضی) بر این بود تا پیرامون خود را از فساد پاک کنیم و اگر اقداماتی از این دست در شهرری انجام داده‌ایم، با هدف پاک‌سازی جامعه از فساد بوده است.... یکشنبه۲۲ اسفند سال گذشته [۱۳۷۸]ساعت هفت صبح من با اتوبوس و تاکسی به میدان حر رفتم و طبق قرار ساعت ۸:۰۲ مجیدی با یک موتور سوزوکی هزار سر قرار آمد. من به او گفتم مگر قرار نبود با هوندا ۱۲۵ بیایی؟ جواب داد که قرار عوض شد. با همان موتورسیکلت به نزدیکی ساختمان شورای شهر [خیابان بهشت]رفتیم. ساعت ۸ و ۲۰ دقیقه یک نفر با بارانی سرمه‌ای آمد که مجیدی گفت او [محمدعلی]مقدمی است.
مقدمی وارد ساختمان شورا شد و سپس بیرون آمد و با اشاره گفت که [سعید]حجاریان هنوز نیامده است. بعد از این یک خانمی نیز با مقدمی صحبت کرد و به سمت شهرداری تهران رفت و سپس مقدمی با اشاره گفت حجاریان می‌آید و به‌دنبال آن او به سمت حجاریان رفت و با دادن نامه او را متوقف کرد.... من نیز به سمت آنان رفتم و وسط خیابان «بهشت» اسلحه را مسلح کردم...». (روزنامه اطلاعات هفتم اردیبهشت ۷۹)
