بر اساس مصوبه دائمی شورای سنجش و پذیرش تحصیلات تکمیلی، گزینش دانشجو در هر یک از رشته‌های امتحانی دوره‌های کارشناسی ارشد ناپیوسته از بین داوطلبانی که بر اساس کارنامه اولیه مجاز به انتخاب رشته هستند با توجه به نمره کل اکتسابی، اولویت کد رشته‌های انتخابی و نتیجه بررسی صلاحیت‌های عمومی مطابق ضوابط مربوط از کنکور کارشناسی ارشد سال ۹۸ آغاز شد و این روند برای آزمون‌های کارشناسی ارشد ادامه دارد.
طبق تبصره گزینش نهایی در تمام رشته‌های تحصیلی طبق ۸۰ درصد نمره آزمون کتبی (حاصل از تراز نمرات دروس) در هر گرایش با توجه به ضرایب مربوط و ۲۰ درصد معدل تراز شده انجام می‌شود.
بر اساس اطلاعات کنکور کارشناسی ارشد سال ۹۸، ۱۶۰ هزار و ۸۱۷ نفر مورد پذیرش دانشگاه‌ها قرار گرفتند که این ظرفیت بدون احتساب دانشگاه آزاد است. در آزمون سال ۹۸ ظرفیت پذیرش در کارشناسی ارشد دانشگاه‌ها، هفت درصد کاهش داشت که دلیل آن اعمال افزایش کیفیت در این دوره تحصیلات تکمیلی بود.