این نسبت، قطعاً خلاف واقع است. آیت‌الله حائری یزدی برای حفاظت از حوزه علمیه تازه‌تأسیس در برابر فشارهای رضاخان قلدر چاره‌ای غیر از پرهیز از ورود عملی به سیاست نداشت و آیت‌الله بروجردی نیز در شرایط خاص تاخت و تاز توده‌ای‌ها در ایران، روش مدارای موقت با حکومت را در پیش گرفته بود. این هر دو بزرگوار در نگاه فقهی معتقد به ورود حوزه و روحانیت به سیاست بودند کمااینکه شاگردانشان نیز بر همین عقیده بودند و هنگامی که زمینه برای ورود به سیاست فراهم شد، به این طرز تفکر عمل کردند. بطوری که مراجع آن زمان هم با نهضت امام خمینی همراه بودند و این، عمل کردن به سیره پیامبر و ائمه علیهم‌السلام است.
جفای دیگری که در همایش صدسالگی حوزه صورت گرفت این بود که نظر و عمل امام خمینی در موضوع ورود حوزه و روحانیت به سیاست نادیده گرفته شد. عیبی ندارد که سخنرانان همایش معتقد به جدائی دین از سیاست باشند ولی برخورداری این عقیده نباید منجر به نادیده گرفتن واقعیت بزرگ و انکارناشدنی نقش بسیار مهم فقهای بزرگی همچون امام خمینی در عمر صدساله حوزه علمیه قم و نظریه‌پردازی‌ها و عملکردهای روشن آنان در این عرصه شود. این روش، به جای آنکه تبیین کارنامه صدساله حوزه باشد، تحریف آنست و نمی‌تواند مقبول اصحاب فکر و علم و منطق و اهل تحقیق باشد. اهل تحقیق درباره همه چیز و همه کس منصفانه و با تکیه بر واقعیات علمی نظر می‌دهند و کارنامه حوزه علمیه را نیز واقع‌بینانه و عالمانه ارزیابی می‌کنند.
انتقاد روزنامه جمهوری اسلامی از افرادی که موسس حوزه علمیه قم را معتقد به جدایی دین از سیاست می دانند
روزنامه جمهوری اسلامی نوشت:بعضی از سخنرانان همایش صدسالگی حوزه علمیه قم، به حضرات آیات حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی مؤسس حوزه و سیدمحمدحسین طباطبائی بروجردی مرجع بزرگ نسبت دادند که با ورود حوزه و روحانیت به سیاست مخالف بودند.