ما با نظر اول موافقیم و انتقادمان به نظر دوم اینست که تعریف استقلال حوزه و سازمان‌ها و مجامع فرهنگی دینی فراتر از آن چیزی است که از مفهوم اصطلاحی این کلمه فهمیده می‌شود. منظور اینست که حوزه‌های علمیه باید در مرتبه‌ای بالاتر از دولت و نظام حکومتی قرار داشته باشند بطوری که بر رفتارهای دولت و نظام نظارت کنند و هرجا لازم بود بتوانند مسیر دولت و نظام را تصحیح نمایند ضمن اینکه تضمینی برای دائمی بودن نظام حکومتی دینی وجود ندارد.
دریافت بودجه از دولت، قطعاً با استقلالی که دارای چنین تعریفی است، سازگاری ندارد. اگر امام خمینی توانست با نهضت روحانیت، بر رژیم شاه که توسط قدرت‌های شرقی و غربی آن زمان حمایت می‌شد غلبه کند، به دلیل برخورداری حوزه‌های علمیه و روحانیت از استقلال و بی‌نیازی آن از دریافت پول دولتی بود. این، یک امتیاز بزرگ برای حوزه‌های علمیه و روحانیت است که نباید از دست برود.
حوزه‌های علمیه و روحانیت از آغاز تأسیس تاکنون همواره از وجوه شرعیه و هدایای مردمی اداره می‌شدند. همین حالا هم بخش‌هائی از حوزه‌های علمیه و روحانیت فقط از وجوه شرعیه و هدایای مردم استفاده می‌کنند و کمترین وابستگی به بودجه دولتی ندارند. تجربه نشان داده است این بخش از روحانیت از آزاداندیشی و استقلال بیشتری برخوردارند و همانند اسلاف خود توانسته‌اند رابطه خود را با مردم حفظ کنند.
خودداری روحانیت از دریافت بودجه دولتی در شرایط بحران اقتصادی کنونی و زمانی که مردم گرفتاری‌های گسترده معیشتی دارند، می‌تواند یک اقدام مهم در جهت همراهی با مردم و کمک به دولت برای حل بخشی از مشکلات بودجه‌ای در شرایط تحریم باشد. این احتمال وجود دارد که دولت برای قطع کردن بودجه‌های حوزه‌های علمیه و سازمان‌ها و مجامع فرهنگی دینی با موانع و مشکلاتی مواجه باشد و یا در صورت انجام این کار، با مشکلاتی مواجه شود. به همین دلیل، بهتر است خود حوزه‌های علمیه و روحانیت پیشقدم شوند و از دولت بخواهند ردیف‌های بودجه آنها را حذف کند تا از این طریق راه برای حل بخش‌هائی از مشکلات مالی دولت باز شود و دولت از حذف ارز ترجیحی خودداری نماید و از سنگین کردن کفه اخذ مالیات صرفنظر کند.
جدا شدن حوزه‌های علمیه و سازمان‌ها و مجامع فرهنگی دینی از بودجه دولتی، علاوه بر تأمین استقلال روحانیت موجب برقراری مجدد ارتباط این نهاد کهن دینی با مردم می‌شود و علاقه مردم به علمای دینی را از آفات مصون نگه می‌دارد. این واقعیت را نمی‌توان انکار کرد که وابستگی مالی روحانیت به دولت، نگاه مردم به روحانیت را تغییر داده و دچار آسیب کرده است.
این انتظار نیز از حوزویان وجود دارد که به افرادی که خواهان قطع شدن بودجه دولتی حوزه‌های علمیه و سازمان‌ها و مجامع فرهنگی دینی هستند به چشم مخالفین حوزه نگاه نکنند. این، یک خیرخواهی برای روحانیت است و طرفداران این نقطه‌نظر، از بهترین دوستان روحانیت و نظام جمهوری اسلامی هستند. معتقدان به این نظر بسیار زیادند ولی عده‌ای از آنها صاحب تریبون نیستند، عده‌ای آماده خطر کردن نیستند و عده‌ای نیز به دلیل اینکه احتمال مؤثر بودن نمی‌دهند از اظهارنظر خودداری می‌کنند. راه صحیح اینست که بزرگان روحانیت پیشقدم شوند و وابستگی به بودجه دولتی را برای همیشه قطع کنند.