او این نظریه را مطرح کرد که انجام این قتلها برای قبضه وزارت اطلاعات توسط دومخردادیها انجام شده است. بعد از آن تقریبا روزی نبود که 18- 17 روزنامه زنجیره‌ای تیتر یک، یادداشت و اخبار تحریف شده و مغلوطی علیه حسینیان نداشته باشند.
به عنوان مثال سال 78 روزنامه «صبح‌امروز» تحت مسؤولیت سعید حجاریان و سردبیری علیرضا علوی‌تبار، در تیتری کذب از قول مرحوم حسینیان نوشت: ما قاتل بودیم. ماجرا از این قرار بود که مرحوم حسینیان در یک سخنرانی گفته بود ما «قاضی بودیم» اما صبح‌امروز تیتر زد «قاتل بودیم».
16 سال پس از آن تیتر، خبرنگار روزنامه صبح‌امروز اینطور ماجرا را شرح داد و تلویحا دروغ‌سازی روزنامه را تأیید کرد: این روزها و بعد از تهدید صالحی توسط روح‌الله حسینیان در مجلس به قتل، عکس صفحه نخست روزنامه صبح امروز 1378 با این نقل قول از حسینیان که «آخه باباجون ما خودمان والله یک زمان قاتل بودیم» دست به دست می‌شود و در صفحات اجتماعی می‌چرخد. سخنی که هیچ‌گاه از دهان حسینیان خارج نشد.
سال 78 من در روزنامه صبح‌امروز کار می‌کردم. نوار حسینیان در جمع شاگردان مدرسه حقانی درباره کشته شدن سعید امامی در زندان به روزنامه رسید و یکی از همکاران آن را پیاده و برای چاپ آماده کرد. پس از انتخاب تیتر برای مطلب و چاپ آن، تکذیبیه‌ای از حسینیان به روزنامه رسید مبنی بر اینکه این جمله را او نگفته است. پس از گوش کردن دوباره نوار، مشخص شد اصل جمله این بوده است: آخه ما خودمان والله زمانی قاضی بودیم، یک زندانبان بودیم. تاکنون صدها نفر واجبی خوردند و نمردند. اما به اشتباه همکار ما قاضی را قاتل شنیده بود. البته اصلاحیه خبر چاپ شد اما جمله ما خودمان والله یک زمان قاتل بودیم برای همیشه به نام حسینیان ثبت شد».
زندگی سیاسی روح‌الله حسینیان بعد از دوره اصلاحات نیز خالی از جنجال نماند. تصویر بستری شدن حسینیان در بیمارستان و جدال‌هایش بر سر تصویب برجام در مجلس در خاطره فعالان سیاسی و رسانه‌ای کشور ماندگار شد.
