آخوندی، صفایی فراهانی رئیس سابق فدراسیون فوتبال ایران و البته رئیس کمیته انتقالی در دوره پس از تعلیق را به گروکشی و تهدید به برکناری افرادی مثل امیر قلعه نویی و داریوش مصطفوی متهم کرده است.
آخوندی در این پست نوشته با توجه به اینکه امیر قلعه نویی از عملکرد سازمان تربیت بدنی در آن دوره انتقاد می کرده، وی در آن مراسم افطاری معروف توضیح داده که برکناریش از تیم ملی که منجر به حضور منصور ابراهیم زاده و سپس علی دایی در رأس فنی تیم ملی شد، به دلیل دشمنی شخصی صفایی فراهانی بوده است.
قابل ذکر این که صفایی فراهانی در دوره دوم حضور در فدراسیون فوتبال ایران به دلیل مناسبات سیاسی اختلافات زیادی با وزارت ورزش به ریاست علی‌آبادی و تیم او داشت. صفایی فراهانی در زمان تعلیق فدراسیون فوتبال از طرف فیفا و از طرف آن سازمان برای کمیته انتقالی و اداره فدراسیون انتخاب شد و حضور او در فوتبال هیچوقت مطلوب وزارت ورزش نبود. مناظره صفایی فراهانی با محمد آخوندی در مورد مشکلات فوتبال که در برنامه نود برگزار شد و صفایی فراهانی وزارت ورزش را عامل تعلیق فوتبال معرفی کرد از ذهن هواداران خارج نخواهد شد. به نظر می‌رسد خصومت مدیران احمدی‌نژاد با محسن صفایی فراهانی همچنان ادامه دارد.
