همچنین تعیین نحوه اخذ ضمانت به صورت چک یا سفته بودن نیز به بانک‌ها واگذار شده است؛ این در حالی است که برخی از بانک‌های عامل به متقاضیان اعلام کرده اند که بر اساس دستورالعمل داخلی بانک، سفته از متقاضیان نمی‌پذیرند و چک نیز باید به نام خود متقاضی باشد؛ به عبارت دیگر در صورتی که دسته چک به نام خودِ متقاضی نباشد، از تشکیل پرونده وام ودیعه خودداری می‌کنند.
پیش از این نیز از سوی مقامات بانک مرکزی و وزارت راه و شهرسازی اعلام شده بود که استعلامی بابت چک برگشتی انجام نمی‌شود؛ اما بر اساس دستورالعمل تدوین شده، تنها دسته چک‌هایی که تاریخ صدور آنها به ۱ اسفند ۹۸ به بعد اختصاص داشته باشد، نیازی به استعلام بابت چک برگشتی ندارند.
بانک این اختیار را دارند که اگر فرد معرفی شده از سوی سامانه وزارت راه و شهرسازی، ظرف ۲ هفته نسبت به تکمیل مدارک و معرفی ضامن به بانک اقدام نکند، متقاضی را از چرخه دریافت تسهیلات حذف کنند.
در حالی که پیش از این محمد اسلامی وزیر راه و شهرسازی در یک برنامه زنده تلویزیونی و همچنین عبدالناصر همتی رئیس کل بانک مرکزی در یادداشت اینستاگرامی خود اعلام کرده بودند منابع تسهیلات ودیعه مسکن از محل ۲۵ هزار میلیارد تومان از خط اعتباری ۷۵ هزار میلیارد تومانی صندوق توسعه ملی برای اعطای تسهیلات به بنگاه‌های آسیب دیده از کرونا تأمین شده، در دستورالعمل مصوب بانک مرکزی و وزارت راه و شهرسازی، دو سوم منابع تسهیلات ودیعه مسکن، منابع داخلی بانک‌ها و یک سوم باقی مانده از محل آزادسازی ذخیره قانونی بانک‌ها نزد بانک مرکزی اعلام شده است.
اگرچه در دستورالعمل مذکور، نرخ سود تسهیلات ودیعه مسکن، بسته به انتخاب روش دریافت این وام از سوی متقاضی، ۱۲ یا ۱۳ درصد تعیین شده، اما در تبصره‌ای اعلام شده است که اگر متقاضی، نسبت به پرداخت اقساط در سررسیدهای تعیین شده اقدام نکند، علاوه بر آنکه نرخ سود این تسهیلات، به نرخ سود مصوب شورای پول و اعتبار (در حال حاضر ۱۸ درصد) تغییر می‌کند، ۶ درصد دیگر نیز به عنوان وجه التزام به نرخ سود افزوده خواهد شد که عملاً سود تسهیلات مربوطه را به ۲۴ درصد افزایش می‌دهد.
متن کامل دستورالعمل اجرایی وام ودیعه مسکن بعد از آخرین اصلاح به شرح زیر است:
