احمد توکلی، رییس هیات‌مدیره دیده‌بان شفافیت و عدالت پیش از رای‌گیری بر سر ریاست دیوان محاسبات در نامه‌ای به نسبت تند خطاب به رییس مجلس، اقدام مجلس برای ریاست بذرپاش بر دیوان را «بدعت» و «غیرقانونی» خوانده بود. توکلی تاکید کرده بود که سابقه بسیج بذرپاش ازسوی مجلس به عنوان سابقه کاری درنظر گرفته شده و همین نامه و جنجال‌های ناشی از آن، بسیج دانشگاه شهید بهشتی را بر آن داشت تا در نامه‌ای خطاب به بذرپاش، از او بخواهد که «اگر سوءاستفاده‌ای از فعالیت در بسیج دانشجویی صورت نگرفته، این موضوع را به شکل مستند اعلام» کند، «وگرنه این امر توهینی آشکار به تشکل بسیج دانشجویی خواهد بود.» نامه‌ای که در ادامه تاکید کرده است: «اگر سوءاستفاده‌ای از این عنوان صورت گرفته، خواهان کناره‌گیری شما از این سمت هستیم.»
همه این جنجال‌ها کنار هم سبب شد تا بذرپاش پس از انتصابش به عنوان رییس دیوان محاسبات به دفاع از خود برآمده و با رد مطالب مطرح شده، در توییتی بنویسد که «به عزیزان بسیجی و تمامی فعالان جنبش دانشجویی اطمینان می‌دهم هیچ‌یک از فعالیت‌های تشکیلاتی‌ام را به عنوان سابقه کاری به مجلس ارایه نداده‌ام.
بنده از سال ۷۹ تا نیمه ۸۲ در مراکز تحقیقاتی و پژوهشی دانشگاه صنعتی شریف مشغول به کار بوده و افتخار همکاری با شهید مصطفی احمدی‌روشن را داشتم.»
حامیان او در شبکه اجتماعی توییتر با انتشار نامه‌ای از «پژوهشکده سامانه‌های هوشمند صنعتی شهید رضایی»، سعی کردند تا فعالیت او را به عنوان معاون آموزشی این پژوهشگاه، حد فاصل سال‌های ۷۹ تا ۸۲ تایید کنند.
اما همین اقدام خود به دردسری تازه بدل شد؛ چراکه گروهی دیگر از کاربران شبکه‌های اجتماعی از بدون مهر بودن این نامه و فقدان مخاطب در متن آن نوشتند، ولی در این میان پایگاه خبری دیده‌بان ایرانیان از اساس نامه منتشر شده را زیرسوال برد و نوشت که «طبق آگهی تاسیس؛ این موسسه، سال ۱۳۹۲ ثبت و تاسیس شده است.»
این پایگاه خبری همچنین مدعی شد که «سیدمحسن دهنوی»، نماینده تهران «عضو هیات‌مدیره» این پژوهشکده است.
