موضوعات مطرح شده در همایش علمی تحقیقی مذاهب اسلامی گلستان متناسب با مسائل و نیازهای منطقه باشد.

معاون فرهنگی موسسه مذاهب اسلامی قم افزود‌: با برگزاری جلسات و تبادل نظر باید به جمع بندی واحدی برسیم که برگزاری همایش در قالب چه موضوعاتی باشد و چه اهدافی را دنبال می کنیم.
معاون فرهنگی موسسه مذاهب اسلامی قم با تاکید براینکه، برگزاری چنین همایش هایی ناظر به نیازهای منطقه ای باشد، گفت: در این نوع همایش ها مقالات تحقیقی و پژوهشی با بررسی مسائل و دیدگاه های مختلف تشیع و اهل سنت ارائه می گردد که خود باعث ایجاد مرجع علمی می شود. 
حجت الاسلام براتی افزود: نظام این همایش، تلفیقی از علمی، تبلیغی و ترویجی باشد به نحوی که آثار فرهنگی و امنیتی و هم اثرگذاری علمی خودش را داشته باشد.
حجت الاسلام براتی  گفت: در همایش سیستان و بلوچستان بیش از دهها موضوع فقهی، کلامی، تفسیری، سیاسی و اجتماعی در دستور کار جلسات و کمیسیون ها مختلف بود که مورد بحث و بررسی قرار گرفت.
وی، یکی از آثار برگزاری این همایش در زاهدان را موضوع امنیتی آن عنوان کرد و گفت: دشمن سعی می کرد در آن منطقه اختلاف بیاندازد اما حضور علمای شیعه و اهل سنت و اجتماع عظیم مدیران و مدرسین باعث شد که آثار سوء را خنثی کند.